PDB

Tugas Pengantar Teknologi dan Informasi

Protein Data Bank (PDB)

Oleh Kelompok B

Ach. Haris Efendi                   (101810301021)

Arum Meta Mega Sari             (131810301006)

Andriana Nur Aini                  (131810301010)

Efa Uswatun Khasanah           (131810301021)

Atik Dian Widiastuti               (131810301024)

Umi Sahrun Ni’mah                (131810301029)

Ila Fadail Rahmah                   (131810301054)

Moh Ihsan Fadli                      (131810301058)

JURUSAN KIMIA

FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM

UNIVERSITAS JEMBER

2014

BAB 1. PENDAHULUAN

Perkembangan ilmu pengetahuan dibidang biokimia mengakibatkan perlu dibentuknya media penyimpan (arsip) didunia maya. Hal ini dimaksudkan agar masyarakat luas mengetahui dan saling bertukar informasi mengenai hasil – hasil penelitian terbaru di seluruh penjuru dunia.  Salah satu situs penyedia layanan informasi biokimia adalah Protein Data Bank (PDB). Protein data bank mengandung data struktur tiga dimensi suatu maksomolekul seperti protein dan asam nukleat. Perolehan struktur tiga dimensi suatu makromolekul umumnya diperoleh dengan cara kristalografi sinar-X atau spektroskopi NMR.

          Protein Data Bank berdiri pada tahun 1971 di Laboratorium Nasional Brookhven. Sejak dari itu situs PDB ini dapat diakses secara bebas dari internet. Karena situs ini dapat diakses oleh siapapaun, maka dibentuklah organisasi yang berfungsi mengawasi situs Protein Data Bank, organisasi tersebut bernama World Wide Protein Data Bank (wwPDB). wwPDB dibentuk pada tahun 2003 dan bertindak sebagai deposisi, pusat distribusi, dan pengolahan data PDB.Protein data bank tersedia sebagai layanan gratis kepada seluruh penggunanya. Data pada protein data bank diperbaharui setiap hari Rabu pukul 00:00 UTC (Coordinated Universal Time).

          Saat ini negara – negara di dunia juga sudah bergabung dalam protein data bank. Negara tersebut antara lain: Jepang (PDBj), Amerika (RSCB PDB USA), dan negara – negara di Eropa (PDBe). Setiap bulannya ada sekitar 286.000 pengunjung dari 190 negara yang mengakses website rscb.org, dan setiap bulannya  sekitar 1,3 terabyte data ditransfer dari situs web ini. Pengunjung situs ini dapat melakukan query sederhana maupun kompleks, menganalisis, dan memvisualisasikan hasil. Sehingga, website ini menjadi rujukan kebanyakan pengguna di dunia dalam bidang ilmu biokimia yang berkaitan masalah makromolekul.

BAB 2. PEMBAHASAN

            Protein Data Bank (PDB) merupakan website sumber utama di bidang biologi structural yang berisi tentang  file-file biologi, jurnal ilmiah dan sebagainya. File-file tersebut diperoleh dari Kristalografi sinar-x atau NMR spektroskopi yang kemudian dikirim oleh ahli biologi dan ahli biokimia seluruh dunia, situs-situs tersebut dapat diakses bebas di internet oleh pengguna seluruh dunia di bawah naungan Protein Data Bank (PDB) yaitu: Protein Data Bank in Europe (PDBe), Protein Data bank in Japan (PDBj), RSCB PDB (USA) dan BRMB (USA). Website ini diawasi oleh World Wide Protein data Bank (wwPDB) yang bertindak sebagai deposisi, distribution center dan pengolahan data PDB itu sendiri.

            Keberadaan wwPDB berguna dalam mempertahankan arsip tunggal data structural makromolekul bagi komunitas global. Sebagai golongan terpelajar, perlu mengetehui wwPDB ini. 

PDB memiliki 3 menu utama pada tampilan awal, yaitu search, advanced dan browse serta memiliki 5 submenu yaitu:

1.      Everything

Berguna untuk pencarian data tanpa kategori khusus.

2.Author

Berguna untuk mencari file atau jurnal berdasar pengarangnya

3.Makromolekul

Berguna untuk mencari data molekul secara khusus.

4. Sequence

Berguna untuk mencari identitas data secara urut.

5.Ligan

Ligan merupakan kamus PDB. Biasanya digunakan untuk memberikan deskripsi rinci dari semua bahan kimia residu dan komponen molekul kecil.

            Menu yang kedua yaitu advanced berupa menu pertanyaan yang berhubungan dengan permasalahan ilmiah.Pada menu ini, terdapat bermacam fitur dalam mencari data hasil penelitian. Misalnya jika ingin bertanya tentang rumus kimia, kita dapat melakukan dengan cara memilih pertanyaan lalu pilih chemical component danpilih chemical formula, maka akan muncul table isi yang berfungsi untuk memasukkan rumus molekul yang akan kita cari informasinya. Misalnya, C₁₂H₂₈N₄O maka akan muncul nama ilmiah dan rumus molekulnya (ligan).

            Untuk menu yang ketiga yaitu menu browse. Menu ini berguna untuk mencari file atau data dalam skala besar. Fitur ini sudah mencakup berbagai informasi dari sebuah protein mulai dari gambar, struktur molekul dan rumus molekulnya serta nama ilmiah dari protein tersebut. Dalam fiturini juga banyak terdapat materi yang berhubungan langsung dengan kimia.Organisasi yang mengawasi PDB yaitu wwPDB.

BAB 3. KESIMPULAN

           

            Adapun kesimpulan dari hasi leksplorasi layanan PDB ini adalah :

PDB adalah website yang merupakan sumber utama di bidang biologi structural yang bisa diakses oleh seluruh dunia. Data yang ada dalam website  diperoleh dari kristal ografisinar-x atau NMR spektroskopi yang selalu di upload oleh ahli biologi dan ahli biokimia seluruhdunia. PDB memiliki 3 menu utama yaitu search, advanced dan browse serta dibagi menjadi 5 macam PDB yaitu PDBj, PDBe, RSCB PDB (USA) dan BRMB (USA) yang diawasi oleh organisasi dunia bernama World Wide Protein data Bank (wwPDB).